Mientras tanto, como se había pactado en San Nicolás, Urquiza era el jefe del gobierno provisional hasta la aprobación de la nueva Constitución. Desde Buenos Aires, Bartolomé Mitre rechazó la incorporación de esta ciudad a la federación; la cámara legislativa lo escuchó y no aceptó la nueva Constitución. Al renunciar López y Planes —gobernador de Buenos Aires—, Urquiza dio un golpe de Estado. La provincia fue recuperada por los porteños en la revolución de 1882; así se formó la Confederación Argentina —con capital en Paraná y con Urquiza como Presidente— por un lado, y el Estado de Buenos Aires —que no proclamaba su independencia ni se unía a la Confederación— por otro. Esta situación ambigua de Buenos Aires se prolongó durante diez años.

En 1858 se produjo la batalla de Cepeda, en la que Urquiza venció. A pesar de ello, no quiso entrar en la ciudad y pidió que se restituyera al Gobernador, que era ultra porteñista, para llegar al Acuerdo de San José de Flores, por el que Buenos Aires se comprometía a formar parte de la Confederación. El problema de la capital suscitó nuevos conflictos: Buenos Aires no deseaba entregar la ciudad para su federalización y en 1861 se produjo la batalla de Pavón, entre Buenos Aires y la Confederación, en la que no hubo un vencedor definido. Urquiza retrocedió hasta Entre Ríos y Mitre —al mando del ejército de Buenos Aires— y cruzó hasta el Rosario.